清代官方文獻和宮廷檔案記載光緒帝為病死。但光緒帝在慈禧死前一日晏駕，時間過于巧合，外界對其死因歷來有諸多揣測。許多野史、宮廷回憶錄包括溥儀均指出光緒帝是被人下毒所害，但對兇手的推測各不相同。民國之后，據(jù)光緒帝的御醫(yī)透露，皇帝生前的確身體并不非常健康，主因是不見天日、身體欠運動、心情不佳導致飲食不正常，卻也無病重之跡象。

1980年，整理崇陵光緒帝遺骨時“未發(fā)現(xiàn)外傷及中毒跡象”，結合官方檔案上的說法，認為光緒帝在生前染病已經(jīng)相當嚴重，不但陽痿而且早泄，遺精史長達二十年，中年之后已到病入膏肓之步，自然病死一說在當時一度成為學術界主流觀點。直到2008年中國官方以現(xiàn)代法醫(yī)手法檢驗后才證實死于砒霜中毒。

2008年，在光緒帝去世一百年之際，由國家清史編纂委員會、清西陵文物管理處、中央電視臺、中國原子能科學研究院、北京市公安局法醫(yī)檢驗鑒定中心等單位聯(lián)合組成的“清光緒帝死因”專題研究課題組確定光緒是因為“急性腸胃型砒霜中毒”而亡。

光緒帝是被慈禧太后毒殺的。下毒時間是1908年11月10日（光緒三十四年十月十七日）傍晚5點鐘左右。光緒皇帝在中毒當晚向內務府發(fā)出了兩道緊急召醫(yī)的手諭，但是內務府帶來的醫(yī)生當晚被阻攔在中南海宮門外，未能進入瀛臺為光緒帝診治。次日早晨西醫(yī)屈桂庭進入瀛臺，發(fā)現(xiàn)光緒帝腹痛難忍在床上打滾，且“面黑，舌黃黑”，并斷言此癥狀“與前病絕少關系”。

但是屈桂庭也未對此時中毒垂危的光緒帝進行任何救治，僅僅進言“以暖水熨敷腹部”便匆匆退出。此后，雖有其他御醫(yī)進入瀛臺為光緒帝診治，但是所開方藥無一味對癥。1908年11月14日（光緒三十四年十月二十一日）晚6時33分左右，光緒帝去世。在光緒帝喝下毒藥，尚未發(fā)作時，慈禧太后已經(jīng)命人將皇帝梓宮停在乾清宮，預備發(fā)喪（慈禧太后估算光緒帝當晚即死，沒有想到光緒帝在中毒后仍然堅持了四天）。由此可以判定，下毒之人必為慈禧太后，因為其他人沒有調動皇帝梓宮的權力。具體考證過程，請看國家清史委員會編纂的《清光緒帝死因鑒證》。

那為何為何光緒和慈禧死僅隔一天？因為光緒必須死，要是不死，慈禧一死就得歸政給光緒，光緒肯定要給戊戌變法翻案，朝廷這幫既得利益者，肯定要遭清算。尤其是袁世凱，就因為他告密導致戊戌政變失敗，光緒恨他恨得咬牙切齒，估計最輕也是凌遲加滅族，慈禧也好不到哪去，估計死后也得刨出來鞭尸。所以為了維護既得利益，更是為了保住脖子上的腦袋，光緒必須死，他自己不死就只能幫他死。